因應COVID-19疫情，2021年接受嘉義市衛生局徵召，本院規劃出一間具全國標準的負壓前室之正壓手術室。依「醫院建置因應新興傳染病手術室」設置要件，負壓前室及正壓手術室設有獨立的全換氣功能、負壓功能達-8%，不做混氣應用，避免空氣感染問題。排氣部分也經過高效率網過濾並以紫外線消毒燈消毒後方能全氣排至智慧手術大樓最高樓處之大氣中。除此之外特別在負壓前室內設置新生兒處理區，讓剖腹產的嬰兒有妥善安全的空間做產後處理。

本院依據中央流行疫情指揮中心「疑似或確診COVID-19病人手術感染管制措施指引」執行，亦接受衛生局實地測試該空間之溫度、濕度、落塵量、過濾量、風速、正壓、負壓、流速、回流量等試驗及空調設備和環境動線，其訪查結果均合乎規範，甚至部分功能優於規範值，取得優良級認證，堪稱國內極具標準的防疫手術室。